Kamui Shirou è un ragazzo di sedici anni e torna a Tokyo dopo una lunga assenza durata sei anni; la madre è morta in un incendio e fra le fiamme lo ha scongiurato di recarsi nella capitale perché lì si compirà il suo destino. E così infatti è, visto che ad aspettarlo ci sono due profetesse sorelle, Hinoto e Kanoe, che lo identificano come l'ago della bilancia per la battaglia finale fra due schiere di combattenti dotati di poteri ESP chiamati Draghi del Cielo (o Sigilli) e Draghi della Terra (o Angeli). Kamui ritrova inoltre a Tokyo i suoi vecchi amici d'infanzia e compagni di giochi Fuuma e Kotori Mono, che però tratta con scontrosità (poi scopriremo che si comporta così per tenerli alla larga dalle sue pericolose questioni).

Grazie alle due profetesse sorelle, ma in competizione fra loro, Kamui viene a sapere che il futuro (che si compirà nel 1999) può prendere due strade: egli può decidere di stare dalla parte dei Sigilli e salvare l'umanità (ma in questo modo aumenterebbe progressivamente l'inquinamento e la degenerazione dell'ecosistema fino alla morte del pianeta Terra), oppure stare dalla parte degli Angeli ed estinguere il genere umano (ed in questo modo consentire alla Natura ed al pianeta Terra di riprendersi e continuare a sopravvivere).

Il dissidio assilla Kamui (osteggiato continuamente dalle due profetesse in sogno) finché non decide di diventare il capo dei Sigilli in modo da poter proteggere i suoi cari (Fuuma e Kotori) e diventare il capo dei sette Draghi del Cielo. Nel preciso momento in cui Kamui realizza la sua decisione, in Fuuma si risveglia la sua vera (e fino ad allora celata) natura di "doppio" o "stella gemella" di Kamui: Fuuma diventa infatti il capo dei Draghi della Terra. Sarà lui stesso ad uccidere la sorella Kotori e Kamui, sconvolto dall'evento capisce che il suo destino è ormai quello di salvatore dell'umanità e decide di tentare di riportare indietro Fuuma.

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